Het schoolbestuur van de NBS wordt gekozen door én uit de leden van de Vereniging „Nieuwe Baarnsche School”. Het bestuur vormt het bevoegd gezag van de NBS. De directie is belast met de dagelijkse leiding van de school en voert overleg met het bestuur. De onderlinge taken van bestuur en directie zijn vastgelegd in het managementstatuut. Het bestuur legt verantwoording af voor het gevoerde beleid tijdens ledenvergaderingen.